นับตั้งแต่ปี พ.ศ. ๒๔๑๑ เป็นต้นมา เงินผลประโยชน์รายได้ของแผ่นดินลดลงไปมาก ในขณะที่การใช้จ่ายในกรมพระคลังมหาสมบัติเพิ่มรายการขึ้นทุกปี จนในที่สุดรายได้ไม่พอจ่ายต้องค้างชำระ รัฐบาลต้องเป็นหนี้สินอยู่เป็นอันมาก ดังปรากฏหลักฐานอยู่ในพระราชหัตถเลขาของรัชกาลที่ ๕ ซึ่งทรงมีไปถึงสมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรส วัดบวรนิเวศวิหาร กรุงเทพมหานคร ฉบับลงวันที่ ๒๘ ตุลาคม ร.ศ. ๑๒๒ ความตอนหนึ่งว่า
"…ในเวลาครึ่งปีต่อมา เงินภาษีอากรก็ลดเกือบหมดทุกอย่าง ลดลงไปเป็นลำดับ จนถึงปีมะแม ตรีศก (พ.ศ. ๒๔๑๔) เงินแผ่นดินที่เคยได้อยู่ปีละ ๕๐,๐๐๐-๖๐,๐๐๐ ชั่งนั้น เหลือจำนวนอยู่ ๔๐,๐๐๐ ชั่ง แต่ไม่ได้ตัวเงินกี่มากน้อย แต่เงินเบี้ยหวัดปีละ ๑๑,๐๐๐ ชั่ง ก็วิ่งตาแตก ได้เงินในคลังมหาสมบัติ ซึ่งเป็นของเจ้าหน้าที่วิ่งมาหาเป็นพื้น นอกนั้นก็ปล่อยค้าง ที่ได้เงินตัวจริงมีประมาณ ๒๐,๐๐๐ ชั่งเท่านั้น ... เงินไม่พอจ่ายราชการต้องเป็นหนี้ตั้งแต่งานพระบรมศพมาจนปีมะแมนี้ (พ.ศ.๒๔๑๔) เป็นเงิน ๑๐๐,๐๐๐ ชั่ง เพราะเหตุเช่นนี้ หม่อมฉันจึงนิ่งอยู่ไม่ได้ จับจัดการคลังมหาสมบัติ...
พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงพระราชคลังหลายประการ ดังนี้
๑. การจัดเก็บภาษีอากรไม่มีการจัดระบบให้ถูกต้อง การเงินของประเทศได้ถูกแบ่งไปอยู่ที่เจ้านายและขุนนางผู้มีอำนาจ โดยอำนาจการจัดเก็บภาษีอากรกระจายไปอยู่ตามกรมต่างๆ เช่น กรมพระคลังมหาสมบัติ กรมพระกลาโหม กรมมหาดไทย กรมนา และกรมพระคลังสินค้า เป็นต้น แล้วแต่เจ้ากรมผู้บังคับบัญชากรมนั้นๆ จะจัดเก็บตามประสงค์ ไม่เป็นระเบียบแบบแผนอันเดียวกันที่จะพึงปฏิบัติเยี่ยงอารยประเทศ นอกจากนี้ภาษีอากรที่กรมต่างๆ จัดเก็บได้ ซึ่งจะต้องมอบเงินส่วนหนึ่งให้กรมพระคลังมหาสมบัติ ก็ปรากฏว่าให้บ้างไม่ให้บ้าง กรมพระคลังมหาสมบัติเป็นเพียงแต่เจ้าพนักงานรับเงินหลวง ไม่มีอำนาจบังคับหรือเรียกร้องให้กรมต่างๆ ปฏิบัติตามแต่อย่างใดเพราะไม่มีระเบียบบัญญัติกฎหมายวางไว้ให้ทำเช่นนั้นได้ ทำให้เงินผลประโยชน์ของแผ่นดินรั่วไหลไปทางอื่นเสียเป็นอันมาก
๒. ระบบเจ้าภาษีนายอากรไม่มีประสิทธิภาพ ตามที่รัฐบาลได้ให้เจ้าภาษีนายอากรรับผูกขาดการเก็บภาษีอากรชนิดต่างๆ และนำเงินส่งรัฐเพื่อเป็นรายได้นำมาทะนุบำรุงประเทศนั้น ปรากฏว่าในระยะแรกเจ้าภาษีนายอากรก็นำเงินส่งราชการเต็มตามจำนวนและตรงเวลา แต่เมื่อเร้นราษฎรให้ได้รับความเดือดร้อน เกิดระบบการยักยอก ฉ้อโกงเงินหลวงของเจ้าหน้าที่และเจ้าภาษีนายอากร นานวันไปเจ้าภาษีนายอากรมักบิดพลิ้วผัดผ่อน ไม่ส่งเงินตามกำหนดและส่งให้ไม่ครบตามจำนวน อีกทั้งยังทำการรีดนาทาจำนวนเงินที่รัฐควรจะได้ก็ไม่ครบตามจำนวนที่พึงได้ เป็นผลกระทบต่อเงินรายจ่ายของแผ่นดิน จนเกือบจะไม่พอใช้ในกิจการต่างๆ
๓. การจัดทำบัญชีของกรมพระคลังมหาสมบัติไม่เรียบร้อย นับตั้งแต่รัชสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมาจนถึงรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว การทำบัญชีรับและจ่ายเงินของกรมพระคลังมหาสมบัติ มิได้มีปรากฏไว้เป็นแบบอย่างและเป็นหลักฐานให้ตรวจสอบได้ จึงไม่ทราบแน่นอนว่าในแต่ละปี รัฐได้รับเงินเท่าไร และจ่ายราชการไปเท่าไร มีกำไรหรือขาดทุน เมื่อพระคลังมหาสมบัติแต่ละคนดับสูญไป บัญชีนั้นก็สูญหายไปหมด ไม่มีการจัดแจงเรียบเรียงบัญชีไว้สำหรับแผ่นดิน เมื่อสิ้นปีก็มิได้งบบัญชีขึ้นทูลเกล้าฯ ถวายให้ทรงทราบเป็นบัญชีข้างที่ไว้สำหรับทรงตรวจดูตัวเงินแผ่นดินว่ามีเงินมากน้อยเพียงใด ด้วยเหตุนี้แม้ในคลังหลวงจะมีการเก็บรักษาเงินทุนสำรองเผื่อไว้ในยามฉุกเฉิน แต่เพราะขาดการบันทึกบัญชีที่เป็นระบบ จึงไม่มีหลักฐานปรากฏไว้
เมื่อพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวได้เสด็จขึ้นว่าราชการแผ่นดินโดยเด็ดขาด พระองค์ก็มิได้คิดนำเงินถุงแดงออกมาใช้แก้ไขปัญหาดังกล่าว แต่ทรงใช้วิธีปฏิรูประบบการจัดเก็บภาษีอากรและการคลังภายในประเทศแทน โดยโปรดเกล้าฯ ให้ตั้ง หอรัษฎากรพิพัฒน์ ขึ้นเมื่อปี พ.ศ. ๒๔๑๖ ในพระบรมมหาราชวัง ให้เป็นที่ทำการของเจ้าพนักงานพระคลังมหาสมบัติ และให้มีพนักงานบัญชีกลางสำหรับรวบรวมบัญชีเงินผลประโยชน์แผ่นดินและตรวจตราการเก็บภาษีอากรซึ่งกระทรวงต่างๆ เป็นเจ้าหน้าที่เก็บนั้นเพื่อให้รู้ว่าเป็นจำนวนเงินเท่าใด และเร่งเรียกเงินของแผ่นดินในด้านภาษีอากรให้ส่งเข้าพระคลังมหาสมบัติตามกำหนด พร้อมกันนั้นได้ทรงตรา พระราชบัญญัติสำหรับหอรัษฎากรพิพัฒน์ จุลศักราช ๑๒๓๕ ขึ้น
จากการตราพระราชบัญญัติสำหรับหอรัษฎากรพิพัฒน์ พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวได้พระราชทานอำนาจแก่สมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอเจ้าฟ้ามหามาลา กรมพระยาบำราบปรปักษ์ ทรงจัดให้มีเจ้าพนักงานบัญชีกลางรวบรวมพระราชทรัพย์ซึ่งขึ้นในท้องพระคลังทั้งปวง ตั้งสำนักงานอยู่ในหอรัษฎากรพิพัฒน์ ในพระบรมมหาราชวัง ให้มีแบบธรรมเนียมที่เจ้าภาษีนายอากรต้องปฏิบัติในการรับประมูลผูกขาดจัดเก็บภาษีอากร ให้มีเจ้าจำนวนภาษีของพระคลังทั้งปวงมาทำงานในสำนักงานเป็นประจำ เพื่อตรวจตราเงินภาษีอากรที่เจ้าภาษีนายอากรนำส่งต่อพระคลังแต่ละแห่ง โดยครบถ้วนตามงวดที่กำหนดให้
การกำหนดหน้าที่ของเจ้าพนักงานหอรัษฎากรพิพัฒน์ และระเบียบข้อบังคับให้เจ้าภาษีนายอากรปฏิบัติโดยเคร่งครัด เป็นการตัดผลประโยชน์ของเจ้าพนักงานทั้งปวง จึงกล่าวได้ว่าพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้ทรงวางรากฐานระเบียบการปฏิบัติการภาษีอากรและการเงินของประเทศไว้เป็นครั้งแรก ทำให้รัฐบาลมีรายได้เพิ่มมากขึ้น
ต่อมา พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงมีพระราชดำริว่า การภาษีอากรอันเป็นเงินผลประโยชน์ก้อนใหญ่สำหรับใช้จ่ายในราชการทะนุบำรุงบ้านเมือง และใช้จ่ายเป็นเบี้ยหวัดเงินเดือนข้าราชการฝ่ายทหารและพลเรือนนั้น พระคลังมหาสมบัติยังจัดไม่รัดกุมเป็นระเบียบเรียบร้อย เงินผลประโยชน์ของรัฐบาลยังกระจัดกระจายตกค้างอยู่กับเจ้าภาษีนายอากรเป็นจำนวนมาก เป็นเหตุให้เงินยังไม่พอใช้จ่ายในราชการและการทะนุบำรุงบ้านเมืองให้สมดุลย์ จึงทรงปรึกษากับสภาที่ปรึกษาราชการแผ่นดิน หรือ Councillors of State พร้อมด้วยคณะเสนาบดี ตราพระราชบัญญัติกรมพระคลังมหาสมบัติ จุลศักราช ๑๒๓๗ ขึ้นเมื่อวันที่ ๑๔ เมษายน พ.ศ. ๒๔๑๘ ว่าด้วยกรมต่างๆ ซึ่งจะเบิกเงินส่งเงินของทางราชการ ถือได้ว่าเป็นกฎหมายงบประมาณฉบับแรกของเมืองไทย ดังปรากฏอยู่ในมาตราที่ ๑ และมาตราที่ ๒ ของพระราชบัญญัติ
ในปี พ.ศ. ๒๔๓๓ ได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ตราพระราชบัญญัติพระธรรมนูญการปกครองแผ่นดินขึ้น กำหนดการปกครองส่วนกลางเป็นกระทรวง ทบวง กรมต่างๆ ซึ่งถือเป็นการปฏิรูปการปกครองของไทยให้ทันสมัย กรมพระคลังมหาสมบัติจึงได้รับการยกฐานะเป็น “กระทรวง” เพราะใช้คำภาษาอังกฤษเพื่อเรียกอธิบดีว่า มินิสเตอร์ ออฟ ฟิแนนซ์
เมื่อวันที่ ๗ ตุลาคม พ.ศ. ๒๔๓๓ ได้ตราพระราชบัญญัติพระธรรมนูญหน้าที่ราชการในกระทรวงพระคลังมหาสมบัติขึ้น กำหนดให้กระทรวงพระคลังมหาสมบัติมีหน้าที่สำหรับ รับ จ่าย และรักษาเงินแผ่นดินทั้งสรรพราชสมบัติพัสดุทั้งปวง กับถือบัญชีพระราชทรัพย์สำหรับ
แผ่นดินทั้งสิ้น และเก็บภาษีอากรเงินขึ้นแผ่นดินตลอดทั่วพระราชอาณาจักร มีเสนาบดีรับผิดชอบบังคับราชการในกระทรวงสิทธิ์ขาด ประกอบด้วยกรมเจ้ากระทรวงและกรมขึ้น รวมเป็นกรมใหญ่ ๑๓ กรม นอกจากนี้ยังโปรดเกล้าฯ ให้แยกการเงินส่วนแผ่นดินและเงินส่วนพระองค์ออกจากกันอย่างเด็ดขาด โดยให้กรมพระคลังข้างที่เป็นผู้ดูแลในส่วนพระราชทรัพย์ส่วนพระองค์
ต่อมาเมื่อวันที่ ๑ เมษายน พ.ศ. ๒๔๓๕ ทรงปฏิรูปการปกครองส่วนกลาง โดยแบ่งหน่วยราชการส่วนกลางเป็น ๑๒ กระทรวง จัดสรรอำนาจหน้าที่และความรับผิดชอบของแต่ละกระทรวงให้เป็นสัดส่วน ไม่ก้าวก่ายในการปฏิบัติราชการ ทรงประกาศตั้งเสนาบดีเจ้ากระทรวงต่าง ๆ ขึ้นให้มีศักดิ์เสมอกัน ยุบเลิกตำแหน่งอัครมหาเสนาบดี และเสนาบดีจตุสดมภ์
ในส่วนของการค้านั้น นับตั้งแต่ พ.ศ. ๒๓๙๘ ซึ่งไทยได้เปิดทำการค้าเสรีกับนานาประเทศเป็นต้นมา การค้าขายทั้งภายในและภายนอกประเทศขยายตัวขึ้นมาก มีเรือต่างประเทศไปมาค้าขายและนำสินค้ามาค้าขายแลกเปลี่ยนกันเพิ่มมากขึ้น เรือสินค้าของไทยเองก็เพิ่มขึ้นด้วยเช่นกัน ขณะเดียวกันชาวต่างประเทศก็เข้ามาตั้งบริษัท ห้างร้าน ประกอบการค้าขาย และการอุตสาหกรรมทวีจำนวนขึ้น
การค้าที่ขยายตัวขึ้นมากเห็นได้จากมูลค่ารวมของสินค้าเข้าและออก เช่น ใน พ.ศ. ๒๓๙๓ ก่อนการทำสนธิสัญญาบาวริง สินค้าเข้ามีมูลค่าประมาณ ๔.๓ ล้านบาท สินค้าออก ๕.๕๙ ล้านบาท ใน พ.ศ. ๒๔๓๑ มูลค่าสินค้าเข้าและสินค้าออกเพิ่มเป็น ๑๘.๑๒ ล้านบาทและ ๒๗.๒๕ ล้านบาทตามลำดับ และตลอดเวลานั้นไทยเกินดุลการค้ามาโดยตลอด ทั้งนี้ไทยได้ส่งข้าวเป็นสินค้าออกประมาณร้อยละ ๕ ของผลผลิตทั้งหมดของประเทศในปี พ.ศ. ๒๓๙๓ และเพิ่มขึ้นเป็นร้อยละ ๕๐ ของผลผลิตทั้งหมดในปี พ.ศ. ๒๔๔๓ โดยมีเนื้อที่ปลูกข้าวเพิ่มจาก ๕.๘ ล้านไร่ก่เป็น ๙.๑ ล้านไร่
ใน พ.ศ. ๒๔๔๓ จึงอนทำสนธิสัญญาบาวริง เห็นได้ว่า พัฒนาการทางเศรษฐกิจที่
สำคัญที่เกิดจากการเปิดประเทศเพื่อค้าขายกับชาติตะวันตกก็คือ ระบบเศรษฐกิจไทยเปลี่ยนแปลงจากเศรษฐกิจแบบเลี้ยงตัวเองมาเป็นเศรษฐกิจที่ผลิตเพื่อตลาดหรือเป็นเศรษฐกิจแบบเงินตรามากขึ้น ซึ่งนำไปสู่การขยายตลาดและการสะสมทุนในเวลาต่อมา